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That's just my cup of tea.

Der Biodiversitea bietet ein Forum zum Vorstellen und Diskutieren von Arbeiten, Projekten, Tools und Ideen aus der NFDI4Biodiversity Community. Einmal im Monat wollen wir uns online für eine Stunde treffen, für spannende Präsentationen und angeregten Austausch bei einer Tasse Tee - oder Kaffee. Die Runde ist offen für alle Interessierten aus dem NFDI4Biodiversity Kreis und darüber hinaus!


Table of Contents


Termin- & Themenplanung

Regelmäßig jeden dritten Dienstag 11:00 - 12:00 Uhr, startet am 16.04.23

16.4.2024 


Titel: API für Abfrage von Taxa und Konzeptbeziehungen aus dem Checklisten-System des Bundesamts für Naturschutz - eine Kooperation zwischen NFDI4Biodiversity und BfN

Vortragende: Elisabeth Huellbusch, Dr. Anton Güntsch

Zielgruppe: Entwicklungen mit NFDI4Biodiversity für die Community

Mini-Abstract:

Biodiversitätsdaten beziehen sich in der Regel auf wissenschaftliche Namen, welche aber oft in verschiedenem taxonomischen Umfang verwendet werden - und somit nicht eindeutig sind. Es ist daher nötig, wissenschaftliche Namen auf einen definierten taxonomischen Umfang oder ein bestimmtes Taxon zu beziehen (sogenannte Annotation). Die Voraussetzung dafür ist, dass Taxa-Daten in Form eines semantischen Netzes vorliegen, in dem die Beziehungen der verschiedenen Taxa und Konzepte untereinander enthalten sind. Das “Checklisten (CL)-System” des Bundesamts für Naturschutz dient bereits als essentielles Werkzeug für die Erfassung und Verwaltung von Pflanzen- und Tierdaten in Deutschland. Dort sind bundesweit abgestimmte Checklisten für über 80 Artengruppen hinterlegt. Konzeptbeziehungen zwischen Taxa zweier Checklisten geben an, wie sich die Taxonkonzepte zueinander verhalten. BfN und NFDI4Biodiversity haben gemeinsam die öffentliche Webschnittstelle “CL-API” entwickelt, die eine Suche nach Namen bzw. Taxa im CL-System sowie eine Abfrage der Konzeptbeziehungen zwischen diesen erlaubt. Auf diese Weise können zu einem Namen mögliche taxonomische Konzepte angezeigt werden und gegebenenfalls kann das passende Konzept ausgewählt und referenziert werden. Die technologische Weiterentwicklung ermöglicht damit einen direkten sowie unkomplizierten Zugang zu den gesammelten Daten und verbessert die Interoperabilität mit anderen Forschungsdiensten. In dem Bidoiversitea wird die Schnittstelle vorgestellt und ein Anwendungsbeispiel gezeigt. ??

Für mehr informationen:

Newsartikel (12/23): https://www.nfdi4biodiversity.org/de/news/neue-schnittstelle/

REST-API: https://checklisten.doctronic.de/api/public/swagger-ui

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titleUrsprüngliches Abstrakt

Biodiversitätsdaten beziehen sich i.d.R. auf wissenschaftliche Namen, welche aber oft in verschiedenem taxonomischen Umfang verwendet werden und somit nicht eindeutig sind. Es ist daher nötig, wissenschaftliche Namen auf einen definierten taxonomischen Umfang/ein bestimmtes Taxon zu beziehen (=Annotation). Die Voraussetzung dafür ist, dass Taxa-Daten in Form eines semantischen Netzes vorliegen. Im “Checklisten (CL)-System” des Bundesamts für Naturschutz sind bundesweit abgestimmte Checklisten für über 80 Artengruppen hinterlegt. Konzeptbeziehungen zwischen Taxa zweier Checklisten geben an, wie sich die Taxonkonzepte zueinander verhalten. BfN und NFDI4Biodiversity haben gemeinsam die öffentliche Webschnittstelle “CL-API” entwickelt, die eine Suche nach Namen bzw. Taxa im CL-System sowie eine Abfrage der Konzeptbeziehungen zwischen diesen erlaubt. Auf diese Weise können zu einem Namen mögliche taxonomische Konzepte angezeigt werden und ggf. kann das passende Konzept ausgewählt und referenziert werden.

21.5.2024 

Titel: Map Stories

Vortragende: Robert Köpke,

Zielgruppe: Mitstreiter gesucht, Tester gesucht, neue Ideen gesucht, Guck mal was wir gemacht haben

Mini-Abstract:

18.6.2024 

Titel: Tbd BIIGLE for Citizen Science - BIIGLE.party

Vortragende: Tim Nattkemper

Zielgruppe: Mitstreiter gesucht, Tester gesucht, neue Ideen gesucht, Guck mal was wir gemacht haben

Mini-Abstract: Tbd

Termin

Titel: 

Vortragende:

Zielgruppe: Mitstreiter gesucht, Tester gesucht, neue Ideen gesucht, Guck mal was wir gemacht haben

Mini-Abstract:

Liste möglicher Themen




Formular für neue Themen

tba

Table Excerpt
nameBiodiversitea-Themen
ThemaAnsprechpartnerWer fragt anKommentarTermin am IÖR/GDA Digitalisieren von KartenKristinangefragt - weitere Absprache von GDA und IÖR nötigBfN APIAntonJudithzugesagt - Termin am 16.4.

 

BioportalNaouelJudithzugesagt - vielleicht noch einmal anfragen für Q3/Q4Annotationstool (Hackathon-Ergebnis)Kay SchallertKristinangefragt - Antwort steht ausObjekt digitalisierungs workflow (4Objects)Judithangefragt - Antwort steht ausBiigle mit citizen science ModulTim Nattkemper, Martin ZurowietzKristin

angefragt am - Zusage

 

EOSC-Empfehlungen zur Digitalen Langzeitarchivierung von ForschungsdatenThomas Bähr (nicht persönlich bekannt)Map Stories (bsp. an GDA)RobertJudith

zugesagt, Terminfindung läuft

 Lebendiger Atlas - How easy it is to publish with GBIFMartin DSMZ - Data discovery portalLorenz ReimerDDA-Portal (nach Veröffentlichung) Knowledge BaseJudithMetabarcoding PipelineBirgit und ChristophChancen und Grenzen der Datenzusammenführung aus Genehmigungs- und PlanungsverfahrenMagnus Wesselfür frühherbst anfragen?


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